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バイオインフォマティクスチーム

2010年にイルミナ社の次世代シーケンサーGAIIxを導入し運用を開始した。同時に、産出される大量のゲノムデータの蓄積、解析を行うファイルサーバ/高性能コンピューター(サーバー)の運用も開始した。

高度な技術が集積された次世代シーケンサーと高性能サーバーを円滑に運用しつつ、目的とする遺伝情報を効率的に探しだすためコンピューターを最大限に駆使できるスタッフが集められ、ウェットな実験に加えて、コンピュータープログラムの構築が可能な研究者のチームとして、バイオインフォマティックスチームが結成された。

MutMap法

次世代シーケンサーとバイオインフォマティックスの技術を駆使し、農業上有用な形質に関わる遺伝子のDNA上の位置を、従来に比べて短期間かつ高い精度で特定できるMutMap法を開発し、発表した(Abe et al., 2012. Nat. Biotechnol. 30 : 174-178)。MutMap法の解析結果は染色体ごとに以下のようなグラフで示され、赤い線のピーク部分周辺に突然変異の原因遺伝子が存在することが容易に推測できる。


SuperSAGE法


本研究センターでは次世代シーケンサーの導入以前からバイオインフォマティックスの手法研究を手がけており、2003年に発表した遺伝子発現解析法のSuperSAGE法は、宿主−病原菌などのように2種の真核生物が相互作用している場で、それぞれの生物の遺伝子発現を同時に解析することが可能な技術である(Matsumura et al., 2003. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 : 15718-15723)。次世代シーケンサーの発展によりサンプルのシーケンスが容易になったことで、研究センター内外にて活発に利用されている。



岩手県は土地が広く、山や海のような自然も豊富である。農林水産物については、これまでにゲノム解析がまったく行われていないものも多いが、未解明のゲノムを扱うデノボ・アセンブリは技術の進展が日進月歩であり、実践には最先端の技術が求められる。デノボ・アセンブリの技術を研鑽し、未解明ゲノムの情報を構築・蓄積していくことで、今後これらの生物に対してMutMap法による解析が可能となる。また岩手県農業研究センターと連携してその広大な圃場での生育状況を調査することで、育種への有用形質の解析を集団遺伝学的な手法を用いて行うことも可能となる。

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