次世代シーケンサーを活用して、従来方法より迅速に形質と連関のある遺伝子やQTLを同定する方法を開発しました。突然変異体の原因遺伝子を同定する方法として「MutMap」、QTLを同定する方法として「QTL-seq」を開発し、解析プログラムを公開しています。また、大規模遺伝子資源を活用したGenome Wide Association Study（GWAS）によるQTL同定、遺伝子間相互作用エピスタシス検出プログラムの開発、機械学習を取り入れたゲノム解析手法の開発などにも取り組んでいます。

最新のシーケンス技術を取り入れて、多様な農林水産物のゲノム解読とゲノム情報の整備に取り組んでいます。これまでに、サントリーグローバルイノベーションセンター等との共同研究により、ホップのゲノム解読を達成しました。また、西アフリカの主食であるギニアヤムのゲノム解読など、国際貢献にも取り組んでいます。